Các con khỉ Kipunji lần đầu tiên mới được phát hiện kể từ khỉ đầm lầy Allen vào năm 1923. Kipunji được phát hiện một cách độc lập bởi các nhà nghiên cứu từ Hiệp hội bảo tồn động vật hoang dã và bảo tồn quốc tế thuộc Đại học Georgia trong tháng 12 năm 2003 và tháng 7 năm 2004, khiến nó trở thành loài khỉ châu Phi mới phát hiện đầu tiên kể từ khi vào năm 1984. Nguyên giao cho các chi Lophocebus, các thí nghiệm di truyền và hình thái học cho thấy rằng nó có liên quan chặt chẽ hơn đối với khỉ đầu chó (chi khỉ đầu chó) so với khỉ mặt xanh khác trong chi Lophocebus, và rằng Lophocebus có nghĩa là loài với phả hệ khác nhau có được nhầm gộp lại với nhau. Các nhà khoa học đã gán nó cho một loài mới, Rungwecebus, đặt theo tên núi Rungwe, nơi nó được tìm thấy lần đầu tiên.